Bažnyčia Verpenoje pastatyta 1775 metais grafo Valavičiaus iniciatyva. 1901–1908 metais, kai buvo statoma Kelmės bažnyčia, Verpenos bažnytėlėje melsdavosi ir Kelmės katalikai.
Galbūt todėl iki šiol išliko tradicija per Šv. Onos atlaidus iš Kelmės bažnyčios procesijai keliauti pustrečio kilometro iki Verpenos.
Medinė Verpenos bažnyčia yra santūrių liaudies architektūros formų, stačiakampio plano, vienabokštė, vienanavė. Savo formomis artima Kelmės evangelikų reformatų bažnyčiai. Tik pastaroji yra mūrinė.