1930 m. Šiauliuose įsikūrė jėzuitų vienuolija. Kunigo Benedikto Andruškos (pirmojo rektoriaus) rūpesčiu 1936 m. pastatyta mūrinė oratorija. 1948 m. pavasarį kunigas Antanas Šeškevičius buvo ištremtas, bažnyčia uždaryta. Uždarytoje bažnyčioje įrengtas sandėlis, vėliau sporto salė. 1986 m. prisidengus koncertų salės būtinybe, tuometinės miesto valdžios rūpesčiu gautas finansavimas ir pradėta bažnyčios restauracija. 1989 m. joje įvyko bažnytinės muzikos festivalis. 1990 m. ji grąžinta tikintiesiems, gruodžio 23 d. pašventinta.
1993 m. rugsėjo 7 d. vizito į Lietuvą metu čia ramybę ir poilsio užuovėją rado popiežius Jonas Paulius II, bažnyčios šventoriuje pastatyta skulptoriaus Mindaugo Junčio Šventojo Tėvo Jono Pauliaus II skulptūra. Ant jos iškalta citata iš Jono Pauliaus II kalbos.
Lankydamasis popiežius palaimino ne tik bažnyčią, bet ir būsimą mokyklą. Šiuo metu prie bažnyčios veikia jėzuitų katalikiška pradinė mokykla.