Pirmoji Kietaviškių bažnyčia buvo pastatyta XVI a. pradžioje ir rašytiniuose dokumentuose paminėta 1504 bei 1522 m. Manoma, kad bažnyčia sunyko per reformaciją. Antrąją, medinę bažnyčią 1676 m. pastatė Vitebsko vaivada Leonardas Pociejus, Kietaviškių dvaro savininkas. Didikai Pociejai rėmė ir bažnyčios išlaikymą. Ją išlaikė ir valstiečių prievolės bei parapijiečių aukos.
1744 m. parapijai priklausė Kietaviškių miestelis, dvaras, 4 palivarkai ir 12 kaimų. Kietaviškių parapijoje buvo 4 koplyčios: Senosiose Kietaviškėse, Mijaugonių, Abromiškių ir Dembinos dvaruose. Jose buvo laikomos mišios. Senųjų Kietaviškių koplyčia sunyko.
1738 m. sudegė Kietaviškių klebonija ir visi aktai bei dokumentai.
Prasidėjo spaudos draudimo metai. 1883 m. į Kietaviškes atvyko kunigas Silvestras Gimžauskas, atkaklus lietuvybės žadintojas, išdirbęs čia vienerius metus. 1884 m. kun. S. Gimžauską pakeitė D. Valavičius, kuris čia klebonavo net 26 metus. 1905 m. patvirtintas dabartinės mūrinės Kietaviškių bažnyčios projektas, parengtas inžinieriaus A. Sonino. Įrengta plytinė, plytų gamybai naudotas vietinis molis. Pagamintos plytos labai patvarios.
1910 m. į Kietaviškes atvyko klebonas kun. Kajetonas Čepanas, dabartinės bažnyčios fundatorius, aktyviai pasireiškęs statant bažnyčią. Abu kunigai kartu su parapijiečiais pastatė naują mūrinę bažnyčią. Jos architektas – V. Michnevičius. Tačiau 1914 m. bažnyčios statybą nutraukė Pirmasis pasaulinis karas. Tuo metu testovėjo naujai išmūrytos bažnyčios pastatas uždengtu stogu, be bokštų, neįrengtu vidumi. 1915 m. vokiečiai bažnyčią norėjo paversti sandėliu, bet nakties metu gyventojai pernešė altorius iš senos bažnyčios į naują ir ryte pradėjo pamaldas. Antroji bažnyčia, stovėjusi 239 metus, buvo išardyta. 1920 metais, toliau pasistūmėjus frontui, pratęstas bažnyčios tvarkymas.
1922 m. balandžio 5 d. mirė bažnyčios statytojas kun. K. Čepanas. Zakristijoje yra dailininko Petro Kalpoko nutapytas kunigo portretas. Palaidotas Kajetonas Čepanas Kietaviškių bažnyčios šventoriuje.